Curiosa e com gosto pela leitura, descobriu no Boletim Salesiano o que era ser freira. Percebeu que Deus a chamava para se consagrar a Ele. Ingressou no instituto das Filhas de Maria Auxiliadora (também chamadas Salesianas), fundado por São João Bosco e por Santa Maria Mazzarello, e consagrou a vida, em 1908, com as promessas de castidade, pobreza e obediência.
Durante a Primeira Guerra Mundial, Troncatti foi enfermeira da Cruz Vermelha em Varazze, na região italiana da Ligúria. Ali, uma oração que dirigiu a Nossa Senhora marcou o rumo da vida dela. Quando ocorreu um violento tornado, Troncatti disponibilizou-se perante a Virgem Maria, dizendo-lhe: «Se me salvar, partirei em missão como missionária.» Ela cumpriu a promessa em 1922, quando desembarcou na baía de Guayaquil, no Equador. O destino final foi Chunchi, onde trabalhou como enfermeira e farmacêutica.
Em dezembro de 1925, acompanhada pelo bispo missionário Dom Comin e duas irmãs salesianas como ela, chegou à selva amazónica, em pleno território dos índios shuaras. Ali, conquistou a confiança do povo ao salvar, com um simples canivete, a filha de um chefe de tribo, que havia sido ferida por um tiro.
Durante 44 anos, a irmã Maria Troncatti anunciou aos shuaras a Palavra de Deus e trabalhou como enfermeira, cirurgiã, ortopedista, dentista e farmacêutica. A religiosa dedicou-se, de modo particular, à promoção das mulheres. A sua obra perpetuou-se com o Hospital Pio XII, em Sucúa, e bastantes dispensários espalhados pela selva.
Sempre incansável, a irmã Troncatti tornou-se como uma mãe para os shuaras.
A sua missão terrena terminou em 25 de agosto de 1969, quando o avião que a levava para a capital, Quito, caiu logo após a descolagem. Está sepultada em Sucúa.
O Papa Bento XVI declarou-a beata em 2012. O Papa Leão XIV canonizou-a no dia 19 de outubro passado.
