Em 1867, São Daniel Comboni elaborou o seu Plano para a Regeneração da África, centrado na educação integral das pessoas, e organizou numerosas escolas no Sudão. Contudo, Comboni morreu, aos 50 anos, em 1881, e quatro anos depois Mohammed Ahmed Al-Mahdi [1844-1885] criou um Estado islâmico no país que arrasou com toda a presença cristã. Depois da derrota dos seguidores de Al-Mahdi em 1898 pelas tropas inglesas, os missionários regressaram ao Sudão para continuar a obra educativa segundo a visão de Comboni.
Em 1900, abrem no bairro de Masalma, em Omdurman, as duas primeiras escolas após a revolução islâmica: a Comboni Boy’s e a St. Joseph Girls’ School, fundadas pelos Missionários e as Missionárias Combonianas, respectivamente. Outras fundações se seguiram por todo o território sudanês.
