D. Manuel nasceu no dia 9 de Dezembro de 1923, no lugar de Sanguinhedo, na freguesia de Aboim, concelho de Amarante. Foi ordenado padre na Sé Catedral do Porto em 7 de Agosto de 1949. Foi nomeado bispo de Nampula em 1967.
Em 1974, por levantar a voz contra a guerra colonial, a opressão e o sofrimento do povo moçambicano (claramente expresso no comunicado “Imperativo de consciência” assinado pelo bispo e todos os Combonianos presentes na diocese de Nampula no dia 12 de Fevereiro de 1974), abandona o país em solidariedade com um grupo de 11 missionários combonianos que tinham sido expulsos e trabalhavam na diocese.
Em 1975, oito anos depois de se ter tornado arcebispo de Nampula, foi eleito presidente da Conferência Episcopal de Moçambique (CEM). Ali, trabalhou activamente para ajudar a alcançar o fim da guerra entre a Frelimo e a Renamo, cujas atrocidades denunciou publicamente.
O prelado português resignou a 18 de Janeiro de 1998, permanecendo na arquidiocese moçambicana até à sua jubilação no ano 2000, regressando então a Portugal (16 de Novembro).
