As origens mais remotas dos bubis datam de há três mil anos. Os atuais descendem de grupos bantos que se estabeleceram na ilha de Bioco a partir do século xiii. No início, viveram em pequenos grupos tribais independentes. Com o tempo, formaram uma estrutura mais centralizada chefiada por reis locais.
São um povo unido e corajoso. Resistiram à colonização de Espanha (entre 1778 e 1968) e à escravidão durante o século xix, preferindo isolar-se no interior montanhoso da ilha. Após a independência da Guiné Equatorial em 1968, sofreram perseguição política, sobretudo sob regimes dominados pela etnia fangue. Em 1993, fundaram o Movimento para a Autodeterminação da Ilha de Bioco (MAIB) para protestar contra a marginalização política e económica de que são vítimas.
